Auf dem Grundstein (Altarplatte des alten Marien-Altares) unserer Kirche im Altarraum ist für die Merkener Gebetshäuser als erste Eintragung "9. Jahrhundert" zu lesen. Es mag sein, dass es zu dieser Zeit bereits eine Gebetsstätte gab, eine erste sichere Erwähnung findet sich aber erst im Einkünfteverzeichnis des Erzbistums Köln ( liber valoris ), verfasst um das Jahr 1308. Dort ist von einer Kapelle die Rede, die der Kirche in Pier unterstellt ist. Weitere Quellen berichten von später vorgenommenen Veränderungen bzw. Instandsetzungen. Seit dem Ende des 16. Jahrhunderts übernimmt ein dem Pierer Pastor unterstellter Vizecurator die Seelsorge in Merken. Die Gemeinde baut dem Vizecurator ein Pastorat und gilt fortan als Filialkirche von Pier. Taufen, Hochzeiten und Beerdigungen werden in Merken durchgeführt und protokolliert. 1673 wird das Gotteshaus von "gottlosen Leuten" eingeäschert, und in den Jahren 1674 bis 1700 wieder aufgebaut. Allerdings bleibt die Merkener Filialkirche dem Pierer Pastor untergeordnet. Erst im Jahr 1804 wird Merken zu einer eigenständigen Pfarre im neu gegründeten Bistum Aachen und bekommt einen eigenen Pastor.

Da die Bevölkerung von Merken stark zunimmt, plant man in den vierziger Jahren des 19. Jahrhunderts eine Erweiterung der Kirche. Allerdings kommt es nur zu Reparaturarbeiten. Noch 1910 beschließt der Kirchenvorstand, von einem „Neubau oder Teilbau“ so lange abzusehen, bis das nötige Kapital angespart ist. Leider geht das ganze "Ersparte" – immerhin über 91.000 Mark – im Ersten Weltkrieg und in der anschließenden Weltwirtschaftskrise verloren. Im Jahr 1932 wird endlich ein Erweiterungsbau erstellt, indem die alte Kirche an der "Langseite des Linken Schiffes geöffnet" und ein Anbau errichtet wird. 1966 werden alte Kirche und Anbau abgerissen. Nur der Kirchturm, versetzt mit römischem Baumaterial und Mauerankern aus dem Jahr 1698, bleibt stehen. Am 31. März 1968 wird die Kirche St. Peter so wie wir sie heute kennen, von Bischof Johannes Pohlschneider geweiht. Die Kirche besteht aus einem großen Kirchenschiff und einer Werktagskirche. Für den Bau wurden 800.000 Ziegelsteine vermauert, die Gesamtkosten betrugen 1,1 Millionen DM. Die neue Kirche enthält einige von bedeutenden Künstlern geschaffene Arbeiten, wie Altarkreuz, Ambo und Altarleuchten als Bronzearbeiten des Bildhauers Arnold Moorkammer und die von Prof. Ludwig Schaffrath für das Kirchenschiff entworfenen Glasfenster.

In der Werktagskirche befindet sich im Untergeschoss des Turmes das von 1875 stammende Gnadenbild von der Immerwährenden Hilfe. Im Kirchenraum stehen teils aus 18. Jahrhundert stammende Holzfiguren des hl. Petrus, der hl. Brigida, des hl. Quirinus, des hl. Antonius, des hl. Johannes d. T. und des hl. Judas Thaddäus. Außerdem erwähnenswert sind die Reste eines spätgotischen Chorgestühls vom Anfang des 16. Jahrhunderts. Die älteste und wohl wertvollste Skulptur ist die Anna-Selbdritt im Altarraum der Hauptkirche. Es handelt sich um eine im 16. Jahrhundert aus Lindenholz geschnitzte Darstellung, die im 19. Jahrhundert eine qualitätsvolle mehrfarbige Fassung erhielt. Im Jahr 2005 wurde die Skulptur aufwändig restauriert und erstrahlt seither in neuem Glanz.

Neben den gut besuchten Sonntagsmessen finden in unserer Kirche zweimal wöchentlich ein Rosenkranzgebet und jede zweite Woche eine Werktagsmesse statt. Jeden vierten Sonntag im Monat halten Laien eine Wortgottesfeier mit Kommunionausteilung. Der Messkreis bereitet in unregelmäßigen Abständen Familienwortgottesfeiern vor. Einige Messen werden vom Kirchenchor mitgestaltet. In den Monaten Mai und Oktober werden wöchentlich von Laien vorbereitete Andachten gehalten, wobei diese jeweils an der Grotte im Park feierlich eröffnet werden. Zur Fastenzeit wird wöchentlich der Kreuzweg gebetet. Höhepunkte des kirchlichen Lebens sind die Osternachtfeier mit anschließendem Beisammensein am Osterfeuer und die Prozession zur Annakapelle.

Zum Fest Hl. Drei Könige ziehen Sternsinger von Haus zu Haus und sammeln Spendengelder für ein Hilfsprojekt in Campoy ( Peru ). In feierlichen Messen werden sie in der Kirche ausgesendet und wieder empfangen. Ein weiterer Höhepunkt im Pfarrleben sind die Feiern der Schützen mit der Krönungsmesse des Schützenkönigs, der Brigidafeier mit der Brotsegnung, der Quirinusfeier und die Toten- und Gefallenenehrung auf dem Friedhof. Sehr aktiv ist auch die katholische Frauengemeinschaft, die sich einmal monatlich trifft, sei es zu Gottesdiensten, Spielenachmittagen oder Ausflügen. Mitglieder der Pfarre spielen auch in Ortsvereinen eine aktive Rolle; zu nennen sind die Maigesellschaft mit einer Krönungsmesse in der Kirche, die freiwillige Feuerwehr mit einer eigenen Messe und einem Feuerwehrfest und der Mandolinenclub und der Männergesangverein, die von Zeit zu Zeit Messfeiern feierlich mitgestalten. Die Ortsbauernschaft lädt nach der Erntedankmesse die Gemeinde zu einem gemütlichen Beisammensein ins Jugendheim ein. In kirchlicher Trägerschaft befinden sich ein Kindergarten und ein Jugendheim mit einer ständigen Leiterin und ehrenamtlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern.